○ 농업법인 설립근거는「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(약칭: 농어업경영체법)」이며, 
○ 영농조합 법인(제16조)과 농업회사 법인(제19조)으로 구분하고 
법인의 설립목적, 설립자 또는 조합원의 자격, 사업범위, 설립 · 등기 · 해산 등에 관한 사항을 규정하고 있다.

[우리나라 농업법인의 변천]

□ 배경

영세소농이 광범하게 존재하는 한국농업에 있어 일정규모 이상의 경영체를 육성하는 것은 반드시 풀어야 할 중요 과제의 하나이다. 이에 대한 대책의 하나로 다수의 소규모 개별농가들이 조직체를 형성하여 생산활동을 영위하는 형태가 일찍부터 모색되었다. 1963년부터 전국 각지에 설립된 협업농장, 1970년대에 나타난 작목반, 그리고 1981년부터 지원된 기계화영농단사업(당시에는 새마을 기계화영농단) 등이 그런 경영체들이었는데 제대로 성과를 내지 못하였다.

이런 가운데 1980년대에 들어 농촌구조개선 문제가 다시 크게 부각되면서 정부는 농업의 경쟁력 제고를 위해 규모화에 의한 대규모 경영체를 육성하여 자본·기술집약적 농업을 실현하기 위해 「농어촌발전특별조치법」 제정시 새로운 농업경영 형태로 영농조합법인과 위탁영농회사를 법제화하였다.

□ 경과

1989년 5월 정부는 농업구조개선을 위한 「농어촌발전종합대책」을 발표하면서 영농조합법인(소농의 협업체) 및 위탁영농회사(기계화 영농대행업체)의 육성 방안을 천명하였다. 그리고 이를 제도화하기 위해 1990년 4월에 제정된 「농어촌발전특별조치법」에서 영농조합법인과 위탁영농회사에 관한 조항을 마련하였다.

이를 근거로 제1호 영농조합법인으로 경남 김해군 진례면에 청천흥농사(1990.11.26 설립 등기)가 설립되었고, 제1호 위탁영농회사로 충북 옥천군 옥천읍에 옥천농업진흥주식회사(1990.11.2 설립 등기)가 설립되었다.

농업법인이 처음으로 「농어촌발전특별조치법」에서 법제화된 이후 농업법인 제도는 계속 변화되면서 체계가 정립되어 갔는데 주요 내용을 살펴보면 다음과 같다.

① 1993년 「농어촌발전특별조치법」 개정으로 영농조합법인 조합원 자격의 확대로 종래의 규모제한(1㏊ 미만 농가 등)이 폐지되었고, 사업영역이 확대되어 연접 시·군의 지역조합 설립, 농산물의 가공·판매·수출 등도 가능하게 되었다.

② 1994년 「농어촌발전특별조치법」 개정으로 위탁영농조합회사가 농업회사법인으로 명칭이 바뀌었다. 또 사업이 농업경영(종전에는 위탁에 의한 농업경영), 농산물 유통·가공·판매, 농작업 대행 등을 할 수 있게 되었고, 부대사업 범위도 농기계 장비의 임대·수리 등만 아니라 영농자재 생산공급, 종묘생산, 종균배양 등으로 크게 확대되었다.

③ 1996년 「농지법」 시행에 따라 농업회사법인의 농지소유가 가능하게 되었다.

④ 1999년 농업법인에 관한 법적 근거가 「농어촌발전특별조치법」에서 「농업·농촌기본법」으로 이관되었다가 2009년 4월 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 (약칭: 농어업경영체법)」으로 다시 이관 규정되었다. 

[농업법인의 성격과 특징]

「농어업경영체법」에서 나란히 규정된 영농조합법인과 농업회사법인(위탁영농회사)은 설립목적, 자격, 사업, 출자 등 여러 면에서 혼동하기 쉬우므로 이해하기 편하게 관련 내용을 서로 비교할 수 있도록 다음과 같이 도표로 정리하였다. 

□ 성격

○ 「농어업경영체법」에서 
- 영농조합법인은 “협업적 농업경영체”로, 
- 농업회사법인은 “기업적 경영체”로 규정하고 있으며, 

○ 준용규정에서도 
- 영농조합법인은 민법상 조합에 관한 규정을, 
- 농업회사법인은 상법상 회사에 관한 규정을 준용하도록 하고 있다. 

농업회사법인은 합명, 합자, 유한, 주식회사 중 하나의 형태로 설립이 가능하다.

○ 비농업인의 출자
- 영농조합법인은 의결권이 없는 준조합원의 자격으로 출자가 가능하며 출자한도는 없음. 
- 농업회사법인은 비농업인의 출자를 허용하되 총출자액의 9/10를 초과할 수 없음.
※ 다만, 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우, 총 출자액에서 8억을 제외한 금액을 출자 한도로 함

□ 설립 요건(주체)

○ 기본적으로 농업인 또는 농업생산자단체를 주축으로 설립할 수 있으며, 발기인(설립 주체)의 구체적 요건은 아래와 같다. 
- 영농조합법인은 농업인 5인 이상, 
- 농업회사법인은 농업인 1인 이상으로 하되 상법상 발기인 규정에 의한다. (합명·합자회사 2인 이상, 유한‧주식회사 1인 이상)

이는 과거 설립등기 시 농업인 요건 충족여부를 확인하도록 한 규정이 없어서 농업인 등이 아닌 사람이 정부지원, 농지소유 등을 목적으로 허위로 농업법인을 설립하는 사례가 많았는데, 이를 개선하기 위해 농업법인 설립시 조합원 등에 대해 농업인임을 확인할 수 있는 서류를 필수적으로 제출해야 하도록 최근(’14.8.6.)에 바뀌었다는 점은 유의해야 하겠다.

□ 사업

○ 영농조합법인 : 농업경영 및 부대사업, 농업과 관련된 공동이용시설의 설치․운영, 농산물의 공동출하 · 가공 · 수출, 농작업 대행, 농어촌 관광휴양사업, 기타 영농조합법인의 목적 달성을 위해 정관에서 정하는 사업 등(법 제16조 및 시행령 제11조)

○ 농업회사법인 : 농업경영, 농산물의 유통 · 가공 · 판매, 농작업 대행, 농어촌 관광휴양사업 이외에 부대사업으로 영농자재 생산 · 공급, 종묘생산 및 종균배양사업, 농산물의 구매 · 비축사업, 농기계 장비의 임대 · 수리 · 보관, 소규모 관개시설의 수탁관리사업(법 제19조 및 시행령 제19조)

□ 의결권 등 운영

○ 영농조합법인 : 1인1표
- 영농조합법인은 기본 성격은 민법상의 조합 관한 규정을 적용하며, 조합원은 출자액에 관계없이 1인 1표이다.
* 다만, 영농조합법인의 경우 정관에 규정을 두어 조합원의 의결권을 출자지분에 따라 그 비례대로 의결권과 선거권을 가질 수 있다.

○ 농업회사법인 : 출자지분비례
- 농업회사법인은 회사 형태이기 때문에 출자 지분에 의하여 의결권이 달라지며, 비농업인도 출자 지분에 따른 의결권을 인정한다.

□ 영농조합법인과 농업회사법인의 장단점

이 외에도 둘 간에는 다음과 같은 장단점이 있다.
 
농업회사법인 주식회사는 현물출자시 감정평가사의 평가를 받고, 법원에 보고하여 판사의 허가를 받아야 하는데 비해, 영농조합법인은 이러한 절차를 생략할 수 있어 시간과 비용을 절감할 수 있는 장점이 있다. 그러나, 영농조합법인은 반드시 농업인 5인 이상이 있어야 설립이 가능하고, 조합원(주주)의 사퇴·취임시 조합원총회의 승인이 필요한 만큼 주주이동이 매우 제한적인데 비해, 농업회사법인 주식회사는 농업인 1명만 있으면 설립이 가능하고, 자유롭게 주주를 모집할 수 있고, 주식양수도도 가능한 장점이 있다.
 
이와 같이 현물출자 용이성, 농업인 확보인원 및 주주구성에는 영농조합법인과 농업회사법인간에 차이가 있다.

[농업법인 설립혜택]

□ 세제혜택

과연 농업법인의 세제혜택에는 어떤 것들이 있을까? 세제상 혜택에 있어서는 영농조합법인이나 농업회사법인 둘간에 크게 차이가 나지 않는다.
 
○ 법인세 감면
영농조합법인이나 농업회사법인의 경우, 농업소득에 대해서는 전액면제가 된다. 그 뿐 아니라, 농업외소득이라고 하더라도 관련 법령에서 정하고 있는 소득(동물사육업·증식업·부화업 및 종축업, 육림업, 임산물 생산·채취업 및 임업용 종자·묘목 재배업, 영농에 필요한 자재의 생산 및 공급사업, 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업, 농산물의 구매 및 비축사업, 농업기계나 그 밖의 장비의 임대ㆍ수리 및 보관사업, 소규모 관개시설의 수탁 및 관리사업, 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득)에 대해서는 부분면제가 가능하다. 그런데, 농업외소득에 대한 감면의 경우에는 영농조합법인과 농업회사법인간에 일부 차이가 있다. 영농조합법인의 경우에는 조합원 1인당 연간 12백만원에 대하여 법인세를 면제받을 수 있고, 농업회사법인의 경우에는 소득이 발생한 연도와 그 다음연도부터 4년간 법인세를 50% 감면받을 수 있다.
 
○ 양도소득세 면제
영농조합법인이나 농업회사법인에 농지나 초지를 현물출자하는 경우 양도세가 면제된다. 이 경우 주의할 점은 농지 및 초지에 한하여 양도세가 면제되는 것으로 임야, 대지 등을 현물출자하는 경우에는 양도세가 과세된다는 점이다.
 
○ 배당소득세 면제
영농조합법인이나 농업회사법인 모두 농업소득에 대한 배당금액에 대해서는 소득세가 전액 면제된다. 양잠업 등 기타 농업외소득에 대해서는 영농조합법인과 농업회사법인간에 일부 차이가 있다. 영농조합법인의 경우 연간 조합원당 12백만원의 소득세가 면제가능하고, 12백만원을 초과하는 금액에 대해서는 5%저율 분리과세(주민세 비부과)될 수 있다. 농업회사법인의 경우에는 배당소득 전액에 대해 분리과세되는 혜택이 있다.
 
○ 부가가치세 면제
영농조합법인이나 농업회사법인에 공급하는 ‘비료, 농약, 농업용기계, 축산업용기자재, 사료, 임업용기자재 및 유기농어업자재’ 중 일부 품목에 대해서는 영세율이 적용된다. 또한, 영농조합법인이나 농업회사법인 모두 농업경영 및 농작업대행용역에 대해서는 부가가치세를 면제받을 수 있고, 농업에 사용하기 위하여 일반과세사업자로부터 구입하는 기자재(농업용 필름, 농업용 파이프, 농업용 포장상자, 농업용 양수기, 축산 악취제거기, 동력제초기 등)에 대해서는 부담한 부가가치세를 환급받을 수 있다.
 
○ 지방세 감면
영농조합법인이나 농업회사법인 모두 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 50%를 경감하고 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 50%를 경감받을 수 있다.(2016.12.31까지) 창업후 2년내에 취득하는 농업용 부동산이라면 취득세(85% 감면) 및 등록면허세(전액)를 면제 받을 수도 있다.(2017.12.31까지)

□ 정부지원 정책

○ ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ (약칭: 농어업경영체법) 
- 국가와 지방자치단체에 경쟁력 있는 농어업경영체의 육성 및 지원을 위하여 필요한 종합적인 시책 수립·시행의무 부여(제3조) 
-「세계무역기구 설립을 위한 마라케쉬협정」에 따른 국내보조 감축약속 면제기준과 범위 에서 농어업경영체의 소득을 안정시키기 위한 보조금("직접지불금") 지급(제12조)
- 농어업인단체 등의 교육운영 지원(제23조)

○ ｢농업소득의 보전에 관한 법률｣ 
- 영농조합법인과 농업회사법인을 농업인과 마찬가지로 ‘농업인 등’이라는 범주에 포함시켜 소득안정을 위한 직접지불제의 대상으로 규정(제2조, 제3조, 제4조)

○ ｢농업인등의 농외소득 활동 지원에 관한 법률｣ 
- 농업법인에 대해서는 농외소득원 개발 및 농외소득 활동을 위한 행정․재정적 지원 방안을 마련할 책무가 국가 및 지방자치단체에 부여(제3조) 
- 지방자치단체의 농산물가공기술활용센터 설치 및 농업인이나 농업법인의 이용 허용(제7조)
- 농업법인 생산 제품의 품질 및 안전 관리를 위한 국가 및 지방자치단체의 지원(제8조)
- 농업법인 생산 농외소득 활동 제품의 공공기관 우선구매(제15조).

○ 기타 농어업사업시행지침 등을 통한 보조 또는 융자 지원 정책 사업의 대상에 농업법인 포함 시행

※ 그러나 농업인들이 ｢협동조합기본법｣에 따라 협동조합을 설립하여 동일한 농외 소득 활동을 펼치더라도 이 법률에 의한 지원 대상이 될 수 없다.

[농업법인의 설립]

□ 영농조합법인
  

□ 농업회사법인

*<자료출처>  농업법인관련 업무안내서(2015, 농림축산식품부), 협동조합기본법 시행과 농업법인 관련 법제 개선 방향(2014, 김정섭) 등